Habibe Hanım Japonya'daki Ertuğrul Faciasında kayalara çarparak batan Ertuğrul Firkateyni Mürettebatı olan oğlunun Şehit olması üzerine Caminin bulunduğu alan ve yolun altındaki (su deposu ve park dahil takribi 7000 m2 ) alanı Cami  yapılmak üzere Hibe etmiştir. Habibe Hanım Hikmetiye köyünün kurucusu Süleyman Bey’in sarayda yaşayan kız kardeşidir.
Habibe Hanımın vefatından sonra (1316) Padişahın Fermanı ile 22.564 kuruş Saraydan nakit para verilerek Ermeni bir usta görevlendirmiş ve Caminin inşası Hicri 1317 yılında tamamlanmıştır.
Camii 29.564 kuruşa mal olmuş (22,564 kuruşu Saraydan nakdi yardım , 7000 kuruşluk malzeme yardımı Hikmetiye köyü sakinleri tarafından yapılmıştır.)
Hikmetiye Camii yapıldığı tarihten bu yana daima ibadete açık kalmıştır. Camii 1967 Adapazarı depreminde hasar görmüş , 1999 Marmara depreminde minaresi yıkılmıştır.
Hikmetiye Camii 1982 yılında Kültür ve Tabiat varlıklarını Koruma Kurulu tarafından tescillenerek koruma altına alınmıştır.
Caminin aslına uygun Restorasyon çalışmaları Kocaeli Büyükşehir Belediyesi - Kocaeli Valiliği ve Kartepe Belediyesi’nin destekleri ile 2014  yılında tamamlanmıştır.